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2024-01-09
一致性聚类(Consensus Clustering)
一致性聚类概念及R实现 什么是一致性聚类 聚类方法一般分为两大类:划分聚类(如 k-means,k-medoids 等)和层次聚类,对于划分聚类我们需要指定聚类的数量,并且初始值的随机选取也会带来聚类结果的不稳定;对于层次聚类,尽管不需要随机选取初始值,但是我们仍然需要选择如何切割聚类树得到最终的聚
2024-01-09
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2024-01-07
Differential Rank Conservation (DIRAC) Analysis
文献:Identifying Tightly Regulated and Variably Expressed Networks by Differential Rank Conservation (DIRAC) 对生物系统降噪的方法可以将单个的生物分子的数据转换为可比较的生物网络行为的分析。
2024-01-07
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2024-01-07
Cohen Kappa 系数
Cohen's Kappa 衡量两个相关的分类变量之间的一致性。 容易想到衡量两个变量一致性的方法就是一致的比例,即两个变量一致的观测数除以总的观测数,但是这种方法没有考虑随机的情况下期望的一致性,也就是随机情况预期看到两个变量一致的比例;Cohen's Kappa 就是考虑这种随机期望的方法。计算
2024-01-07
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2024-01-07
使用贝叶斯预测概率来进行临床试验的中期分析
The Utility of Bayesian Predictive Probabilities for Interim Monitoring of Clinical Trials
2024-01-07
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2024-01-07
最近收缩质心分类法(nearest shrunken centroids method)
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2024-01-07
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2023-12-03
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典型相关分析及其 R 代码
2023-12-03
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2023-12-03
数学知识复习
奇异值分解 SVD 设 X 为 n 行,m 列的矩阵: 行是观测,列是变量(特征),一般情况下 n<<m 的(比如单细胞测序的表达矩阵,行为细胞,列为基因),X 可以被分解为: \mathbf{X}=\mathbf{U}\mathbf{\Sigma}\mathbf{V^{T}} 其中 U 和 V 分
2023-12-03
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2023-11-30
SCTransform 单细胞基因表达标准化
Seurat 包中使用的 SCTransform 标准化方法,两篇文献阅读笔记
2023-11-30
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2023-11-11
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贝叶斯 Bayes Rules! An Introduction to Applied Bayesian Modeling (bayesrulesbook.com) Chapter 1 The Big (Bayesian) Picture We continuously update our kno
2023-11-11
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