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最新文章
2024-01-07
最近收缩质心分类法(nearest shrunken centroids method)
最近收缩质心分类法
2024-01-07
79
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数据分析
2023-12-18
Seurat 单细胞数据整合流程
整合分析可以帮助我们找到不同数据集中都存在的比较一致的细胞类型和细胞状态,将更多的细胞汇总分析也可以增加统计学效能(power),整合的目标在于: 识别两个数据集中都存在的细胞亚群 鉴别在处理组和对照组比较一致的细胞类型 marker 比较两个数据集,从而找到对实验处理的细胞类型特异的反应 实例数据
2023-12-18
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单细胞
2023-12-18
KEGG 通路数据下载与处理
KEGG 中含有 4 大类,16 个小类的数据库: 这篇笔记主要是介绍如何获取 KEGG pathway 数据库的数据(https://www.genome.jp/kegg/pathway.html,XML 格式),然后转化为网络格式(Edge list)。 首先利用 KEGGREST 包中的 ke
2023-12-18
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数据分析
代码
2023-12-03
典型相关分析-CCA
典型相关分析及其 R 代码
2023-12-03
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数据分析
2023-12-03
数学知识复习
奇异值分解 SVD 设 X 为 n 行,m 列的矩阵: 行是观测,列是变量(特征),一般情况下 n<<m 的(比如单细胞测序的表达矩阵,行为细胞,列为基因),X 可以被分解为: \mathbf{X}=\mathbf{U}\mathbf{\Sigma}\mathbf{V^{T}} 其中 U 和 V 分
2023-12-03
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数据分析
2023-11-30
SCTransform 单细胞基因表达标准化
Seurat 包中使用的 SCTransform 标准化方法,两篇文献阅读笔记
2023-11-30
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单细胞
2023-11-29
图深度学习
图深度学习基本知识,CS224W 课程笔记
2023-11-29
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深度学习
2023-11-27
Seurat 基本流程
Seurat 标准流程,包括数据质控,标准化,聚类和差异基因分析
2023-11-27
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数据分析
2023-11-11
贝叶斯数据分析
贝叶斯 Bayes Rules! An Introduction to Applied Bayesian Modeling (bayesrulesbook.com) Chapter 1 The Big (Bayesian) Picture We continuously update our kno
2023-11-11
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数据分析
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