Differential Rank Conservation (DIRAC) Analysis

文献：Identifying Tightly Regulated and Variably Expressed Networks by Differential Rank Conservation (DIRAC)

对生物系统降噪的方法可以将单个的生物分子的数据转换为可比较的生物网络行为的分析。

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这种方法用来定量某个基因网络在表型内或者表型间的变异性，步骤为：

1. 定义一个基因网络，可以是某个通路的基因列表
2. 对每个表型定义一个 rank template，用二分类变量来表示两两基因的比较结果，比如对于基因 x_1 和 x_2，在该表型的 k 个样本中有超过一半的样本是 x_1 的表达大于 x_2，那么 rank template 这个值就是 1，否则就是 0
3. 计算每个样本的 rank matching score，就是看样本中符合上面定义的 rank template 的基因对的占比
4. 对每个表型计算 rank conservation index（RCI），也就是对某个表型中的所有样本的 rank matching score 取个均值，RCI 衡量了在一个表型内的样本在多大程度上可以匹配上 rank template，因此 RCI 为 1 表示这个通路中的基因排名在该表型的样本中是不怎么变化的，也叫 tightly regulated，相反如果 RCI 为 0.5 则说明这个通路中的基因排名在该表型的样本变化很大，也就是 loosely regulated

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